José Ramón Cossío llegó a la Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) en 2003, propuesto por el entonces Presidente Vicente Fox, y tuvo polémicas resoluciones donde no otorgó el beneficio de la justicia.
El caso del incendio de la Guardería ABC, donde fallecieron 49 niños y resultaron heridos 106, Cossío votó en contra de declarar como responsables de violaciones graves de derechos a autoridades del IMSS federales y de Sonora, como el panista Juan Molinar Horcasitas, entonces director del IMSS, y personaje cercano a Felipe Calderón.
Con su resolución protegió además a los socios de la estancia infantil, entre quienes se encontraba una familiar de Margarita Zavala Gómez del Campo, esposa de Calderón.
Otro caso fue cuando toleró el montaje televisivo para simular la detención de la francesa Florance Cassez, acusada de secuestro. En el proyecto de sentencia el jurista votó en contra de la propuesta de la liberación de la mujer, toda vez que se había violentado el debido proceso en el montaje ordenado por quien fuera secretario de Seguridad Pública, Genaro García Luna, preso en Estados Unidos.
Y para encubrir al llamado “Súper Policía”, Cossío dijo que no podía admitir “un efecto generalizado de nulidad” y propuso un amparo.
Cossío también favoreció a la Ley Televisa cuando se declaró impedido para pronunciarse sobre su constitucionalidad.
O cuando, en un caso de libertad de expresión, protegió al panista Roberto Gil Zuart, acusado de corrupción por el manejo de casinos. El ministro en retiro votó en contra de un proyecto que buscaba amparar a una comunicadora, quien no tenía el propósito de dañar a Roberto Gil.
Otro más, el caso Juchitán. Aquella vez, afectó los intereses de pueblos indígenas de Oaxaca para favorecer a una empresa de energía eólica al negar el amparo a más de un millar de pobladores indígenas.