Se ha señalado en repetidas ocasiones a diversos personajes del Ejército por estar relacionados con el narcotráfico. Ahora la detención del ex secretario de la Defensa Nacional, Salvador Cienfuegos Zepeda, abre de nuevo la puerta a estar relación, pues una de las líneas de investigación podría centrarse en este tema. Sin embargo, de 1997 a la fecha varios generales mexicanos han sido detenidos, muchos de ellos contaban con presuntos nexos con el narcotráfico.
- En 1997 se presentó el primer caso de un general detenido. Su nombre era Jesús Gutiérrez Rebollo quien además de general diplomado del Estado Mayor, era director del Instituto Nacional para el Combate de las Drogas (INCD) en el sexenio del presidente Ernesto Zedillo Ponce de León.
Tan solo unos meses después fue detenido el general Alfredo Navarro Lara por intentar sobornar delegado de la entonces Procuraduría General de la República (PGR) en el estado de Tijuana. En aquella ocasión habría ofrecido un millón de dólares para que no persiguieran a los Arellano Félix, de acuerdo con ZetaTijuana.
- El siguiente en la lista es Jorge Maldonado Vega, acusado también de proteger a los miembros del Cártel de Juárez; sin embargo fue absuelto de las imputaciones por recursos de procedencia ilícita y delincuencia organizada cuatro años después de estar preso en el penal del Altiplano.
Ya para los años 2000, resultaron detenidos Mario Acosta Chaparro y Francisco Quirós Hermosillo, quienes fueron condenados por 16 años seis meses por fomentar al narcotráfico. Un año después el general Ricardo Martínez Perea sería sentenciado a 15 años de cárcel por delitos contra la salud y hasta la fecha sigue encerrado en el Complejo Penitenciario Islas Marías.
Durante el sexenio de Felipe Calderón detuvieron a Juan Manuel Barragán por presuntamente estar aliado al general Navarro Lara, además de haber recibido sobornos del Cártel de Sinaloa por los que fue condenado a 15 años en la cárcel.
Tomás Ángeles Dauahare, Roberto Dawe González y Rubén Pérez Ramírez fueron detenidos en el 2012 por nexos con los hermanos Beltrán Leyva, pues de acuerdo con las autoridades, estos les habrían brindado información confidencial para que pudieran contrarrestar los operativos. Sin embargo, fueron absueltos de los cargos.