En más de 40 años, la trayectoria de Coello Trejo ha estado marcada por el escándalo, acusaciones de abusos, corrupción y protección a violadores de mujeres.
Conocido con el sobrenombre de “el fiscal de hierro“, desde inicios de los años setenta fue designado por el expresidente José López Portillo, como fiscal especial contra la corrupción, en uno de los sexenios donde más corrupción hubo, sin que Coello Trejo mostrara avances significativos en su combate.
No fue raro, por ello, que en ese sexenio Coello Trejo se hiciera compadre de un personaje: Arturo Durazo Moreno, de negro historial y quien fue colocado como jefe de la policía capitalina por haber defendido a López Portillo en las peleas callejeras de la colonia Roma durante su juventud.
Con Carlos Salinas de Gortari, entre 1988 y 1994, Coello fue nombrado titular de la Subprocuraduría de lucha contra el narcotráfico.
El primer trabajo que Coello le hizo a Salinas fue el operativo del 10 de enero de 1989, mediante el cual se orquestó la detención del líder petrolero, Joaquín Hernández Galicia. Operativo que incurrió en irregularidades y en el cual también fue asesinado uno de los escoltas de Joaquín Hernández Galicia (La Quina), sin que hubiera sanción alguna para los responsables.
El 9 de abril de 1989 arrestó al capo del narcotráfico Miguel Ángel Félix Gallardo, del Cártel Guadalajara, considerado el jefe de jefes del narcotráfico en México.
Después de eso, en la Fiscalía Antinarcóticos, Javier Coello Trejo fue acusado de encubrir y proteger a su equipo de escoltas, acusados de cometer por lo menos una decena de violaciones en el sur de la capital del país, además de otras acciones delictivas como asesinatos, desapariciones forzosas y tortura.
Tras estos acontecimientos, ni Salinas lo quiso tener más en su gabinete principal, y Coello Trejo sería removido al que sería su último encargo público: la Procuraduría Federal del Consumidor (Profeco), donde tampoco se le conoció acción relevante alguna en favor de los consumidores.
En 2015, Coello representó a Jorge Vergara, dueño del equipo de futbol Guadalajara y de la empresa Omnilife, en la denuncia por un fraude de alrededor de 4 mil millones de pesos contra la exesposa del empresario.
Defendió en su momento a Mónica García Villegas, dueña y directora del Colegio Rebsamen, en el que perdieron la vida 19 niñas y niños durante el sismo de 2017.
Y en 2020 llevó a cabo la defensa del exdirector general de Pemex, Emilio “L”, actualmente en prisión por la cadena de corrupción y sobornos en el caso Odebrecht.
Coello Trejo siempre dijo que Emilio “L” era inocente y renunció hasta que el propio Emilio “L” reconoció que era culpable.
